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在古代三省六部体制中，负责医药事务的专门机构，
三省六部制，作为我国封建时代一套结构严谨的中央官制体系，其源起于隋朝的五省六曹制，确立于隋，完善于唐。历经千年，直至清末，六部制始终沿袭未变。其中，三省包括中书省、门下省、尚书省，六部则涵盖尚书省下属的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，每部下辖四司，共计二十四司。
在历史演进中，组织架构与权力体系不断演变，直至隋朝，始形成三省六部制，专司中央政令与政策的制定、审核及执行。历代统治者亦不断调整，以强化君主专制，补充完善制度体系。
在历朝历代的三省六部体制中，负责医药事务的机构与规章亦呈现出多样化的特点。
隋朝时期，太医署隶属于太常寺，承担医学教育与医药管理重任。太医令位居最高，丞为其得力助手，下设主药、医师、药园师、医博士、助教、按摩博士、祝禁博士等，共计215位专业人士。
高祖年间（589-604），参照北齐体制，于门下省设立尚药局，专司皇帝医药事务，下辖典御、侍御医直长、医师等职位。至唐代，太医署沿袭隋制并扩大规模，令、丞主管医政，府、史协助，医监、医正负责教学，主药、药童负责药材加工，药园师负责种植采集，师生共计340人。尚药局沿袭隋制，增设咒禁师及合口脂匠等共96人。门下省另设奚官局，负责宫人及有罪后妃的医药。宫官中设有司药、典药、掌药三个药职及女史，专治后妃疾病。宋代，太医局隶属于太常寺，设有丞、教授、九科医生，共计300人。熙宁九年（1076）设立提举、判局，规定判局须由懂医者担任。翰林医官院有正副院使、直院、尚药奉御、医官、医学及□候等百余人。殿中省仍设尚药局，掌管皇帝医药。至道三年（997）设立御药院，作为宫廷医药服务机构，隶属于内侍省，类似清代的内药房。
神宗年间（1076年），京师设立药局，即熟药所，专司药材鉴别与炮制。同时，增设修合药所两处。此举标志着官办药局的诞生。至徽宗时期（1114年），药局更名为太平惠民局与和剂局，全面掌控全国药品的炮制与交易，并在全国设立药局四十处。药局不仅医病，更成为官办便民医疗与售药的重要机构。
元代沿袭此制两代，统称为惠民药局。明代设立药物管理机构：一是御药房，隶属于内府，始建于洪武六年（1373年），后于嘉靖十五年（1536年）更名为圣济殿，并设立御药库，诏令御医轮值供事。其职能包括鉴定药材、检验药剂，以及验收保管各地贡供的药品。二是惠民药局，继承前制，成立于洪武三年，虽在地方设有分支，用于治疗贫病士兵和平民，但因管理不善和经费短缺，多数药局名存实亡。清代，顺治十年（1653年）设立御药房，隶属于太医院，负责药物的采购、储存和配制。内府设有东西御药房，西药房由院使、院判及御医、吏目轮值，东药房则由御医、吏目及医士轮值。清代未设惠民药局，而是有地方性的官办社会抚恤机构，如育婴堂、普济堂、养济院等。清末，在资本主义民主革命的压力下，政府体制进行改革，民政部内设卫生司，郎中为最高官职，员外郎次之，下设主事、小京官、医官等职位。
